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L’effet des facteurs physiques (transport par les courants, température, éclairement) sur l’écosystème est obtenu en couplant le modèle biogéochimique au modèle hydrodynamique tridimensionnel MARS3D. Le fait de se restreindre à l’écosystème pélagique du plateau continental (c'est-à-dire de la côte à l’isobathe 200m environ) a permis de restreindre le nombre de points de calcul : la maille horizontale est un carré de 4 km de côté, et la colonne d’eau y est divisée en 30 niveaux superposés, de profondeur relative identique pour toutes les mailles.
Les forçages utilisés pour la météorologie et pour les débits des fleuves sont les mêmes que pour le modèle physique de la Manche et du Golfe de Gascogne complet.
Ils sont complétés par l’estimation journalière des concentrations des fleuves en nutriments, sous leur forme dissoute et organique, à partir de formules statistiques bâties sur les séries de mesures disponibles auprès des Agences de l’eau concernées pour les années passées. Pour estimer correctement l’atténuation de la lumière dans la colonne d’eau, les matières minérales en suspension (MES) sont imposées d’après une moyenne mensuelle des images satellitales de turbidité des années passées. Enfin, aux limites océaniques, on utilise les climatologies Reynaud pour la température et la salinité, et Levitus pour les sels nutritifs et la chlorophylle : quand le flux est entrant dans le domaine, les concentrations utilisées aux limites (Cl) sont relaxées aux valeurs climatologiques (Cc) de la manière suivante : Cl = Cl × (1 - dt/tr) + Cc × dt/tr, tr étant la constante de relaxation.