Elles sont constituées de particules fines vaseuses, sableuses ou biogènes (débris calcaires algaux ou coquilliers). Certaines viennent d'être apportées en mer par les fleuves, d'autres viennent de la remise en suspension des sédiments marins par les courants et les vagues. Elles conditionnent la pénétration plus ou moins profonde de la lumière solaire, donc de la photosynthèse des algues. Le modèle utilise les cartes moyennes de matières en suspension minérales estimées par capteurs satellitaires, sauf tout près des côtes et des estuaires, où les valeurs satellitaires systématiquement sous-estimées doivent être remplacées par des valeurs simulées du proche panache turbide constitué des apports fluviatiles.