La température de l'eau de mer varie saisonnièrement, avec une amplitude qui est maximale en surface, et diminue sensiblement dans les eaux situées à plus de 100m de fond. Elle est un facteur important dans la densité de l'eau de mer (donc dans la genèse de certains courants), elle induit sur les fonds dépassant la cinquantaine de mètres une séparation estivale entre une couche de surface chaude et une couche de fond restée froide, et elle agit sur la vitesse des processus chimiques et biologiques. Le modèle calcule à tout moment la température en faisant le bilan de chaleur des couches d'eau.